õدادگاه و دادسرای ویژه روحانیت:
در حضور خمینی و در کارنامه و در خیانت به امید، بنی‌صدر هشدار می‌داد که مصدر قدرت شدن روحانیان هم آنان را به یکدیگر کشی ناگزیر می‌کند و هم سبب آخوند کشی می‌شود. یادآور شد که آخوند کشی امر واقع مستمر در تاریخ ایران و حاصل هم‌نشینی بنیاد دینی و دولت (فردوسی نیز این واقعیت را دیده و خاطر نشان کرده‌است)است. بدیهی است که چون هشدارهای دیگر ناشنیده ماند و رژیم ملاتاریا آخوند کش‌ترین رژیم‌ها در تاریخ ایران گشت و اینک نیز روحانیان را منفور مردم ایران کرده‌است.
با پیروزی انقلاب، میان روحانیون افراطی که انقلاب به آنها فرصت داده بود که خود را به لباس انقلاب درآوردند و هدف خود را جانشین هدفهای انقلاب کنند با روحانیونی که با دربار پهلوی و حتی ساواک همکاری داشته‌اند، جنگ در گرفت. میان دست اول با روحانیون و منبری‌های سنتی کار به رویاروئی کشید. علاوه بر این، برخی نیروهای افراطی کمیته‌ها و اسلحه بدستان اقدام به حمله به عده ای ازروحانیونی کردند که ضد انقلاب و مخالف ولایت فقیه‌شان می‌خواند. خمینی برای حفظ مقام و موقعیت روحانیت اقدام به انتشار پیامی به تاریخ سوم خرداد ماه سال1358، بر خلاف قانون اساسی، کرد. این پیام سنگ بنای برخورد با شبکه روحانیت شد و به تدریج، شکل سیاسی بخود گرفت. محاکمه و محکوم کردن هر روحانی مخالف استبداد خمینی و دستیاران او بدین‌ترتیب آغاز شد.
زیرا در قانون اساسی جمهوری اسلامی در اصول ۱۹ و ۲۰ و ذیل اصل ۱۰۷، تصریح شده است که : «مردم ایران از هر قبیله که باشند از حقوق مساوی برخوردارند، و رنگ ، نژاد، زبان و مانند اینها سبب امتیاز نخواهد بود. رهبر در برابر قوانین با سایر افراد کشور مساوی است .» هر استثنایی در این اصل ، محتاج تصریح قانونی است.
خمینی بر خلاف اصول فوق ، دادگاه ویژه‌ای برای محاکمه روحانیان تشکیل داد:«… با آنکه در اسلام برای مجازات مجرمین، فرقی میان گروه‌ها نیست و همه در مقابل قانون، برابر هستند، باید مجرمینی که با پوشیدن لباس روحانیت، خود را در این صف وارد کرده‌اند، به مجازات برسند. لکن به طوری که اطلاع می‌دهند، عده‌ای مخالف اسلام و روحانیت درصدد هستند که به اسم تصفیه، روحانیت را بکوبند… لهذا لازم است به تذکرات زیر توجه گردد:
1.نظر به اینکه روحانیون، از حال معممین بهتر آگاه هستند، در شهرستان‌ها به‌وسیلهِ علمای اعلام درجه‌ِ اول، هیئت‌هایی مرکب از سه نفر اهل علم مورد وثوق و دو نفراز معتمدین محل، تشکیل و مأموریت رسیدگی به پرونده‌های اشخاص، به صورت روحانی، یا اهل منبر را به آنان بدهند و پس از ثبوت جرم، شرعاً تحت‌نظر دادگاه انقلاب اسلامی به مجازات برسند.
2ـ هیچ کس و هیچ گروهی حق ندارد متعرض معممین بشود و به روحانیون اهانت کند. در صورت تخلف، دادگاه انقلاب محل موظف است او را تعقیب و مجازات کند…» (صحیفه‌ی امام، ج 7، 466).
به هر حال،در اواخر سال 1360 دادگاه ویژه‌ی روحانیت در قم تشکیل شد و دادستان کل وقت، موسوی تبریزی، طی بخشنامه‌ای از تمامی محاکم خواست که کلیهِ پرونده‌های روحانیون را به دادگاه ویژهِ روحانیت قم ارسال نمایند. از آن پس، به دلیل کمبود امکانات و نیرو، طی بخشنامه‌ای اعلام شد که محاکم دادگستری، صلاحیت ذاتی برای رسیدگی به جرایم روحانیون را دارند، ولی دادگاه ویژه هر پرونده‌ای را که تقاضا کرد باید ارسال شود
اما در این مرحله به دلیل حجم زیاد کار و اعتراضاتی که از سوی محکومین دادگاه ویژهِ روحانیت قم می‌شد، این تشکیلات در سال 1364 منحل شد . ولی به دلیل بروز مسئله مهدی هاشمی این دادگاه بار دیگر در سال 1365 فعالیت‌های خود را از سر گرفت .
تأسیس رسمی دادگاه ویژه: در تاریخ 25 خرداد 1366 بود که خمینی طی نامه‌ای، علی فلاحیان را به سمت دادستان دادسرای ویژه‌ی روحانیت برگزید.در حکم خمینی به فلاحیان آمده بود:
«نظر به حفظ و لزوم شئون روحانیت و حوزه‌های علمیه، جنابعالی را با حفظ سمت، به عنوان دادستان دادسرای ویژه‌ی روحانیت منصوب می‌نمایم تا بر طبق موازین شرع مقدس، به جرایم روحانی‌نمایان و دین به دنیافروشان رسیدگی نمایید. ضمناً کلیهِ دادگاهها و دادسراها موظفند تا با ارسال پرونده‌های درخواستی که در حدود اختیارات این دادگاه و این دادسراست، به شما کمک نمایند.
در همین زمان خمینی، طی حکمی علی رازینی را نیز به سمت حاکم شرع دادگاه ویژهِ روحانیت منصوب کرد. آنچه از احکام مزبور برمی‌آید این است که دادسرا و دادگاه ویژه روحانیت در این مرحله، تشکیلاتی مستقل از قوه‌ی قضاییه بود و صلاحیت آن نیز بنا به درخواست رئیس دادگاه ویژه از حوزهِ قضایی قم و تهران فراتر رفت. علاوه براین، صلاحیت این دادگاه، به رسیدگی به تمام جرایم روحانیون گسترش پیدا کرد. در ضمن، شرکا و معاونین جرم، در صورتی که مجرم اصلی روحانی باشد، در دادگاه ویژه محاکمه می‌شوند. خلاصه آنکه، در حکم از رئیس دادگاه ویژه خواسته شده بود که این دادسرا و دادگاه بر طبق ضوابط شرعی عمل نمایند. به عبارت دیگر مستند و مبنای احکام و آیین دادرسی در این دادسرا و دادگاه، نه قوانین موضوعه بلکه ضوابط شرعی باشد .
گام بعدی در تثبیت دادسرا و دادگاه ویژه، تصویب آیین‌نامه‌ِ دادسراها و دادگاههای ویژهِ روحانیت در مرداد 1369 بود. در این آیین‌نامه، نحوه‌ِ رسیدگی، تشکیلات و ساختار دادگاه ویژه مشخص شد. این آیین‌نامه را که مقامات دادسرای ویژه تنظیم کردند، پس از تصویب «رهبر»، اعتبار قانونی یافت و با این‌حال، دادسرا و دادگاه ویژه روحانیت تکیه‌گاه قانونی نیافت. آیهالله منتظری تشکیل آن را برخلاف قانون اساسی می‌دانست و غیر قانونیش می‌خواند. باوجود این، به دنبال تصویب این آیین‌نامه، تشکیلات دادسرا و دادگاه ویژه گسترش پیدا کرد و با تعیین حجهالاسلام سلیمی به سمت ریاست شعبهِ دوم دادگاه ویژه در تاریخ 16/8/1369 این دادگاه به دو شعبه گسترش یافت.
علاوه بر رئیس دادگاه ویژه روحانیت، دادستان ویژه روحانیت نیز توسط «رهبر» منصوب می‌شود. دادستان این دادگاه امروز ابراهیم رئیسی است. او در سال ۱۳۹۱ توسط «رهبر» . این در دوره خاتمی بود که برای «دادگاه ویژه روحانیت، در بودجه ردیف تعیین شد و با تصویب بودجه آن، به اصطلاح «قانونیت» پیداکرد.
برغم آن، برخی محققان، از جمله محسن کدیور این دادگاه راغیرقانونی می‌دانند و می‌گویند:
1. با توجه به این که آیین نامه دادگاه ویژه روحانیت نه تنها در قانون اساسی وجود ندارد، بلکه حتی به تایید مجلس شورای اسلامی هم نرسیده است، این دادگاه کدام مقبولیت قانونی را می‌تواند داشته باشد ؟
در مورد قانونی بودن دادگاه ویژه روحانیت دو نظر در جامعه وجود دارد:
● گروهی که متشکل از برخی مسئولین هستند، آن را قانونی می‌دانند. مستند نظرشان اولا حکم خمینی در سال 65 در مورد این دادگاه است و ثانیاً آیین نامه‌ای است که از طرف خامنه‌ای در مهرماه 1369 امضا شده‌است و ثالثاً، قوه مجریه برای آن ردیف بودجه تعیین کرده و قوه مقننه نیز آن‌را تصویب کرده‌است.
الا اینکه حکم خمینی، هم به این دلیل که خارج از اختیارات او بنابر قانون اساسی و هم به دلیل مخالفتش با اصول قانون اساسی، غیر قانونی است. این خمینی است که می‌باید بخاطر تجاوزهای روز مره‌اش به قانون اساسی محاکمه می‌شد. در خور یادآوری است که نمایندگان مجلس در سال 67 (دوره سوم ) به او نامه نوشتند و تجاوزات مکرر و مستمر او به قانون اساسی را یادآور شدند و او در پاسخ آنها نوشت: «مطلبی را که نوشته اید، کاملا درست است . انشاا… تصمیم دارم در تمامی موارد وضع به صورتی درآید که بر طبق قانون اساسی حرکت کنیم . آنچه در طی این سالها انجام گرفته است ، مرتبط با جنگ بوده و مصلحت نظام و اسلام اقتضا می‌کرد تا گره‌های کور قانون سریعا به نفع مردم واسلام بازگردد. از تذکرات شما سپاسگزارم و به شما دعا می کنم »!
با وجود این، چندماه بعد از این پاسخ، خمینی، دستور تشکیل شورای بازنگری قانون اساسی را صادر کرد و مواردی را که در قانون باید تغییر می‌کرد، مشخص کرد. ازجمله، حذف شورایعالی قضایی و تاسیس مجمع تشخیص مصلحت نظام حذف شرط مرجعیت از شرائط رهبری و… جالب است که در این حکم هیچ اشاره‌ای به دادگاه ویژه روحانیت نکرد. لذا برمبنای استدلالی که گذشت ، نتیجه این می‌شود که دادگاه ویژه روحانیت حتی از دید خمینی نیز، خاص همان شرایط اضطراری بوده است .
2.در قانون اساسی اصول 19 و 20 و ذیل اصل 107، تصریح شده‌است که : «مردم ایران از هر قبیله که باشند از حقوق مساوی برخوردارند، و رنگ ، نژاد، زبان و مانند اینها سبب امتیاز نخواهد بود. رهبر در برابر قوانین با سایر افراد کشور مساوی است.» هر استثنایی در این اصل ، محتاج تصریح قانونی است .
تشکیل دادگاه ویژه روحانیت کاملا برخلاف این اصول است. دادگاه ویژه روحانیت یا امتیازی برای روحانیت است و یا تضییقی نسبت به آنها را درنظر داردو در هر دو صورت با قانون سازگار نیست . آنچه در قانون اساسی آمده ، این است که همه دعاوی باید از طریق دادگاههای دادگستری حف و فصل شوند.
3.مضمون اصل 61 قانون اساسی این است که اعمال قوه قضاییه بوسیله دادگاههای دادگستری است . در اصل 159 قانون اساسی هم مرجع رسیدگی به تظلمات و شکایات ،
دادگستری تعیین شده است . تشکیل دادگاههای ویژه روحانیت و دیگر دادگاهها و تعیین صلاحیت آنها منوط به حکم قانون است . این دو اصل تصریح دارد که در تمام موارد، رسیدگی به تخلفات باید در دادگستری انجام گردد که ظهور آن هم در دادگاههای عام می‌باشد و تشکیل هر نوع دادگاه اختصاصی و ویژه، خلاف صریح اصول قانون اساسی است . در قانون اساسی فقط یک دادگاه اختصاصی پیش بینی شده و آن دادگاه خاص نظامی است .
اصل 172 قانون اساسی می‌گوید: «برای رسیدگی به جرایم مربوط به فعالیت خاص نظامی یا انتظامی اعضای ارتش، ژاندارمری ، شهربانی و ستاد پاسداران انقلاب اسلامی ، محاکم نظامی مطابق قانون تشکیل می‌گردد. ولی به جرایم عمومی آنان یا جرایمی که در مقام ضابط دادگستری مرتکب شوند، در محاکم عمومی رسیدگی می‌شود. دادستانی و دادگاههای نظامی کشور هم بخشی از قوه قضائیه اند.» هیچ دادگاه دیگری از جمله دادگاه ویژه روحانیت در قانون اساسی پیش بینی نشده‌است . بنابراین دادگاه ویژه روحانیت مخالف قانون می‌باشد.
4.در اصل 140 قانون اساسی آمده است که : «رسیدگی به اتهام رئیس جمهور و معاونان و وزیران او در مورد جرایم عادی ، با اطلاع مجلس شورای اسلامی در دادگاههای عمومی دادگستری انجام می گیرد». در زمان تصویب این اصل ، رئیس جمهور روحانی بوده است. رئیس جمهور قبل از او نیز روحانی بوده‌است. اگر قانونگذار، دادگاه ویژه روحانیت را قانونی می‌دانست ، باید در این اصل بر آن تصریح می کرد.
5.دلیل بعدی بر غیرقانونی بودن این دادگاه ، اصل 110 قانون اساسی است که وظایف و اختیارات رهبری را عنوان می‌کند که در هیچ یک از آن موارد یازده‌گانه اشاره‌ای به اختیارات ایشان در تأسیس و یا تشکیل دادگاه ویژه روحانیت نشده‌است .
6.در اصل 58 قانون اساسی هم آمده‌است که اعمال قوه مقننه از طریق مجلس شورای اسلامی است . به عبارت دیگر قانونی که در کشور اجرا شود، باید در مجلس تصویب شود. اگر دادگاه ویژه بخواهد قانونی شود، باید مقام محترم رهبری طبق اصل 177قانون اساسی اقدام به تشکیل شورای بازنگری قانون اساسی کنند و شورای بازنگری قانون اساسی چنین دادگاهی را به تصویب برساند. البته تصویب چنین اصلی، ملازم با تغییر بسیاری از اصول قانون اساسی از جمله اصول 61، 159، 19، 20، 140، ذیل اصل 107 و اصول دیگر است .
تا زمانی که در شورای بازنگری قانون اساسی چنین موردی تصویب نشده‌است ، نمی‌توان از طرق دیگر از جمله مجلس شورای اسلامی یا مجمع تشخیص مصلحت نظام یا دستورالعمل مقام رهبری برای دادگاه ویژه روحانیت وجاهت قانونی دست وپا کرد. آنچه که در سال 69 به عنوان آیین نامه دادسرا و دادگاه ویژه روحانیت از طرف خامنه‌ای تصویب شد، حکم قانون را ندارد و تنها با پذیرش نظریه ولایت مطلقه ، به معنای فوق قانون بودن رهبر، قابل توجیه است . چنین توجیهی نیز از اساس منافی قانون اساسی و جمهوریت نظام و قانونی بودن آن است .
6. با توجه به این که دادگاه ویژه روحانیت خود را زیرمجموعه قوه قضاییه می‌خواند، به چه علت اجازه انتخاب وکیل را به متهمین نمی‌دهد؟ اصل 35 قانون اساسی تصریح کرده‌است که در همه دادگاهها طرفین دعوی حق دارند برای خود وکیل انتخاب نمایند. در آیین نامه دادسراها و دادگاههای ویژه روحانیت، (در سال 1369) هیچ ماده‌ای در مورد حق وکیل گرفتن متهمین دادگاه ویژه روحانیت ذکر نشده‌است . به علاوه در مصوبه مهرماه 70 مجمع تشخیص مصلحت نظام آمده‌است که کلیه دادگاههایی که به موجب قانون تشکیل می‌شوند، مکلف به پذیرش وکیل می‌باشند. در تبصره آن دادگاه ویژه روحانیت نیز ملزم به پذیرش وکیل شده‌است. به این معنی که از بین روحانیونی که توسط دادگاه به آنها معرفی می‌شود، یک نفر را به عنوان وکیل انتخاب نمایند; به عبارت دیگر دادگاه ویژه روحانیت تنها وکیل تسخیری را به رسمیت شناخته‌است و نه وکیل اختیاری را. حال آنکه مطابق اصل 35 قانون اساسی هر متهمی می‌تواند وکیل اختیاری داشته‌باشد و انحصار وکلا به وکلای تسخیری صحیح نیست .
7. یکی دیگر از حقوقی که در دادگاه ویژه روحانیت از متهم گرفته می‌شود حق درخواست تجدیدنظر می‌باشد. آیا این امر، وجاهت قانونی این دادگاه را زیرسئوال نمی‌برد؟ مطابق قوانین جمهوری اسلامی هر متهمی که در دادگاه بدوی محکوم شد حق درخواست تجدیدنظر را دارد، اما در آیین نامه دادسراها و دادگاههای ویژه روحانیت ، ماده 44، چنین حقی را برای متهم به رسمیت نشناخته است:
ماده 44 عنوان می کند: «احکام دادگاههای ویژه قطعی است مگر در موارد ذیل :
1. قاضی پرونده قطع به اشتباه خود پیدا کند.
2. دادستان منصوب آن را خلاف قوانین و احکام بداند.
3. ثابت شود که قاضی پرونده صلاحیت رسیدگی را نداشته است .
ملاحظه می‌شود که موارد استثنا از حکم قطعی تنها از بالا به پایین است و حق دادخواهی و تجدید نظر برای متهم روحانی پیش‌بینی نشده‌است . بنابراین دادگاههای ویژه روحانیت علی‌رغم اطلاعیه اخیر آن به صورت قطعی برگزار می‌شوند و محکوم فاقد حق تجدیدنظر می‌باشند.
8 .آیا عدم ابلاغ حکم توسط دادگاه ویژه روحانیت با قانون سازگاری دارد طبق اصل 32 قانون اساسی : «هیچ کس را نمی‌توان دستگیر کرد، مگر به حکم وترتیبی که قانون معین می‌کند. در صورت بازداشت ، موضوع اتهام باید با ذکر دلایل بلافاصله کتبا به متهم ابلاغ و تفهیم بشود…». بعلاوه احکام صادره از سوی دادگاههای عادی کتبا به متهم ابلاغ می‌شوند، حال آنکه در دادگاه ویژه روحانیت شفاها حکم به متهم اطلاع داده می‌شود و تا آنجا که اطلاع داریم ازابلاغ کتبی حکم به متهمین روحانی تاکنون خبری نبوده‌است و این نیز خلاف آیین دادرسی و قانون اساسی است .
9. دیده شده‌است که در بعضی موارد دادگاه ویژه روحانیت اقدام به بازداشت اشخاص غیرروحانی می‌نماید، آیا این عمل با آیین‌نامه این دادگاه سازگاری دارد؟ چنین موردی در آیین نامه دادسراها و دادگاههای ویژه روحانیت پیش‌بینی نشده‌است. چون در بخش صلاحیتهای این دادگاه ، تنها به امور مربوط به روحانیون پرداخته شده‌است و ظاهرا چنین عملی مبتنی بر تفسیر موسع همین آیین نامه است که این نیز قابل مناقشه است . توجیه آقایان این‌است که چه مشتکی‌عنه روحانی باشد، چه مرتبط با روحانیت و حتی اگر شکایت به نحوی از انحا ربطی به روحانیت داشته باشد، در دستور کار این دادگاه قرار می‌گیرد.
10 .آیا رسیدگی به جرایم مطبوعاتی آن‌چنان که تا بحال نیز اتفاق افتاده‌است، در صلاحیت این دادگاه می‌باشد یا خیر ؟ اصل 168 قانون اساسی می‌گوید: «رسیدگی به جرایم سیاسی و مطبوعاتی علنی است و با حضور هیئت منصفه در محاکم دادگستری صورت می‌گیرد…». ظهور محاکم دادگستری ، دادگاههای عام است و در قانون اساسی همچنانکه ذکرش گذشت ، هیچ مخصصی نسبت به این اصل یافت نمی‌شود. بعلاوه در آیین نامه دادسراها و دادگاههای ویژه روحانیت نیز به این مسئله تصریح نشده‌است و ظاهرا با استفاده از عمومات بند الف ماده 13 آیین نامه است که عمل می‌شود.
البته چنین کاری برخلاف اصل 168 قانون اساسی می‌باشد، زیرا دادگاه ویژه روحانیت نه علنی است و نه هیئت منصفه دارد و هیئت منصوب قاضی در هیچ عرف حقوقی هیئت منصفه محسوب نمی‌شود. با توجه به این که مهمترین مدیران مسئول جراید کشور روحانی هستند، ظاهرا اصل 168 قانون اساسی در بسیاری از موارد بلاموضوع می‌شود.
õبه برخی از مواد ایین نامه تشکیل دادگاه ویژه روحانیت توجه کنیم:
● ماده‌ِ اول آیین‌نامه‌ی مصوب 1369 نیز، تشکیلات دادسرا و دادگاه ویژهِ روحانیت را تحت نظارت عالیه‌ِ مقام رهبری دانسته که این نظارت خود شامل ابعاد مختلفی است:
– عزل و نصب مقامات دادسرا و دادگاه برعهده‌ِ مقام رهبری است.
– هدف از تشکیل دادسرا و دادگاه ویژه را «پیشگیری از نفوذ افراد منحرف و تبهکار در حوزه‌های علمیه، حفظ حیثیت روحانیت و به کیفر رسانیدن روحانیون متخلف» اعلام کرده‌است.
● ماده‌ی 2 وظایف دادسرا و دادگاه ویژه را به شرح زیر اعلام می‌کند:
1ـ اقدامات لازم جهت پیشگیری از وقوع تخلفات و جرایم در محدوده‌ِ مسائل قضایی؛
2ـ ارشاد در امور خلاف شأن؛
3ـ رسیدگی به جرایم روحانیون و پرونده‌هایی که به نحوی با اهداف این دادسرا، مرتبطند.
● ماده‌ی 3 آیین‌نامه‌ِ مزبور مقرر می‌دارد: «دادستان ویژهِ روحانیت توسط مقام معظم رهبری منصوب خواهد شد. او نیز اختیار عزل و نصب دادستان‌ها و دادیاران دادسراهای ویژهِ شهرستان را برعهده دارد».
● ماده‌ی 9 آیین‌نامه نیز گستره و پراکندگی واحدهای دادسرای ویژه را به ده حوزهِ قضایی: 1ـ تهران، 2ـ قم، 3ـ مشهد، 4ـ اصفهان، 5ـ شیراز، 6ـ تبریز، 7ـ ساری، 8ـ اهواز، 9ـ کرمان، 10ـ همدان تقسیم نمود
● ماده‌ی 10 آیین‌نامه نیز مقرر می‌دارد: «حاکم شرع شعبهِ اول دادگاه ویژهِ روحانیت، از سوی مقام معظم رهبری منصوب می‌گردد».
● ماده‌ی 11 آیین‌نامه: «سایر قضات دادگاه، حسب مورد، طبق نظر مقام معظم رهبری نصب می‌گردند
● ماده‌ی 13 آیین‌نامه نیز صلاحیت دادسراها و دادگاههای ویژه را به شرح زیر اعلام کرده بود:
1ـ کلیهِ جرایم عمومی روحانیون؛
2ـ کلیهِ اعمال خلاف شأن روحانیون؛
3ـ کلیهِ اختلافات محلی مخلّ به امنیت عمومی؛
4ـ کلیهِ اموری که از طرف مقام معظم رهبری برای رسیدگی به آن مأموریت داده می‌شود.
و…
õاز حیث عملکرد دوران حیات دادگاه ویژه را می‌توان به چند دوره تقسیم کرد:
1. دوره‌ای که از سال 1358 تا انحلال آن در سال 1364 ادامه داشت، در این دوره دادگاه ویژه فاقد تشکیلات و انسجام کافی بود و عملکرد آن عمدتاً ناظر بر رسیدگی به جرایم روحانی‌نماها، روحانیون وابسته به دربار و ساواک و برخورد با روحانیونی بود که به نوعی با ولایت فقیه مشکل داشته و یا سیاسی بودند. ناگفته نماند برخی از مراجع تقلید در این سالها از سوی خمینی و بیت او ویا از سوی دادگاه نیم بند ویژه روحانیت تحت حصر خانگی قرارگرفتند .
گفتنی است که روحانیون بسیاری در طول تاریخ جمهوری اسلامی توسط این دادگاه یا به دستور رهبری جمهوری اسلامی که در صدر این دادگاه قرار دارد، محکوم به زندان و حتی اعدام شده‌اند:
● اعدام حجهالاسلام غلامحسین دانشی، نماینده مردم آبادان در آخرین دوره مجلس شورای ملی، تنها یک ماه بعد از انقلاب.
● اعدام حجه الاسلام عبدالرضا حجازی به جرم واهی همکاری با صادق قطب‌زاده جهت انجام کودتا بر ضد نظام جمهوری اسلامی ایران
● اعدام حجهالاسلام حبیب‌الله آشوری در زندان اوین تهران در سال ۱۳۶۰ ،او از فعالان سیاسی-مذهبی مشهد بود که دستگیر شد. وی نویسنده کتابی به نام «توحید» بود که به نوشته احمد قابل در نامه‌ای به خامنه‌ای، دستاویز صدورحکم ارتداد وی شده بود. در دوره شاه، خامنه‌ای مدعی بوده‌است کتاب را او نوشته و آشوری به نام خود چاپ کرده‌است.
● آیهالله محلاتی، شاخص‌ترین چهره قیام ۱۵ خرداد ۱۳۴۲ در شیراز نیز، بعد از پیروزی انقلاب در نامه‌ها و بیانیه‌های خود خصوصا در سال ۱۳۵۹ یکی از صریح‌اللهجه‌ترین مراجع تقلید در نقد جمهوری اسلامی به حساب می‌آید. بهنگام درگذشت وی، در سال ۳۶۰ ، خمینی در قم یا تهران مجلس ختم برگزار نکرد و از برگزاری مراسم ختم وی در مسجد ارک تهران به دعوت برادران موسوی مجتهد زنجانی و فیلسوف عالی مقام، مهدی حائری یزدی جلوگیری به عمل آمد! مطمئنا هر سه مرجع از رأی آری به جمهوری اسلامی پشیمان بودند. اما این پشیمانی منحصر به ایشان نبوده و نیست.
● آیهالله محمد کاظم شریعتمداری، بعد از صدور اطلاعیه آذر ۱۳۵۸ درباره تعارض اصل حاکمیت ملی با ولایت فقیه در قانون اساسی از فضای رسانه‌ای کشور حذف شد. وی از اواخر فروردین ۱۳۶۱ به اتهام اطلاع از کودتای صادق قطب زاده و مطلع نکردن مقامات کشور بطور غیرقانونی تا آخر عمر در خانه محصور شد.
● آیهالله سید حسن طباطبایی قمی ، رهبر قیام ۱۵ خرداد ۱۳۴۲ در مشهد، بعد از پیروزی انقلاب در مصاحبه‌ها و بیانیه‌های خود در سالهای ۱۳۵۸ و ۱۳۵۹ بی‌پروا و جسورانه انحرافات جمهوری اسلامی از موازین اسلامی و نیز مخالفت صریح خود را با نظریه ولایت فقیه بر زبان راند. این صریح‌ترین مخالفت یک مرجع تقلید با جمهوری اسلامی و ولایت فقیه از موضع شریعت و فقه سنتی بود. آقای قمی از اوایل سال ۱۳۵۹ ممنوع‌القلم شد و مطبوعات از درج مطالب وی منع شدند. وی از اوایل سال ۱۳۶۰ برخلاف قانون به دستور هم‌رزم سابق و رهبر جمهوری اسلامی در خانه خود در مشهد محصور شد.
گفتنی است که در همان سالها، برخی از نیروهای افراطی و چماقدار بنا به دستور در خیابان عمامه او را از سرش برداشته و خلع لباس نمودند.
● آیهالله سید محمد صادق روحانی که از سوی خمینی و با پادرمیانی سید احمد خمینی و به دستور محمد یزدی حصر خانگی شد و حتی اجازه سفر به خارج از کشور جهت درمان را به این مرجع تقلید ندادند.
● سید رضا صدر فرزند سید صدرالدین صدر و برادر سید موسی صدر به اتهام تکریم آیهالله شریعتمداری پس از فوت وی محبوس شد.
● دو روحانی بلند مرتبه جانبدار نهضت ملی ایران، آیات الله سید رضا زنجانی و سید ابوالفضل زنجانی به دستور خمینی منزوی شدند.
● آیهالله مهدی حائری یزدی فیلسوفی که در غرب و کشورهای اسلامی، نام‌آور شد و فرزند مؤسس حوزه علمیه قم، که در سال ۵۹ به ایران بازگشت و پس از دو سال حصر و محدودیت کشور را ترک کرد.
● آیهالله سید محمد حسینی شیرازی نیز مرجع تقلید دیگری است که به دلیل مخالفت‌هایش در جریان جنگ ایران و عراق به مدت ۲۰ سال در خانه‌اش در قم محبوس بود و سرانجام در همان حبس خانگی درگذشت.
و…
2. دوره دوم که از سال 1365 آغاز شد و کار خود را با پرونده‌ی جنجالی و پردامنه‌ی مهدی هاشمی شروع کرد:
اعدام حجهالاسلام مهدی هاشمی، برادر حجهالاسلام هادی هاشمی رییس دفتر آیهالله منتظری به جرم افشای سفر مک فارلین که بر رهبران نظام بسیار سخت آمد. او سالها مسئولیت دفتر نهضت‌ها در سپاه پاسداران رادر اختیار داشت. اما بعد از جریان مک فارلین می‌بایست اعدام می‌شد. زیرا قرار بر حذف منتظری در سالهای بعد نیز بود و حضور او با توجه به روابطی که داشت خطرناک احساس می‌شد.
●اعدام حجهالاسلام فتح‌الله امید نجف آبادی که خود حاکم شرع دادگاه انقلاب بود اما بنا به دلایلی (شاید نزدیکی به مهدی هاشمی و منتظری )، به اتهام فساد اخلاقی به اعدام محکوم شد .
● اعدام حجهالاسلام میرعلی نقی سیدخاوری لنگرودی به اتهام فساد اخلاقی و به اصطلاح اعمال منافی عفت عمومی
و…
3. دوره‌ای که تقریبا از سال 1370 و به دلیل حرکت انتقادی برخی از روحانیون آغاز شده بود و آیین‌نامه جدید خود را با تایید رهبری به اجرا در اورد که به خاطر رسیدگی به جرایم ارتکابی روزنامه‌هایی که مدیران مسئول آن روحانی بودند، پرکار شد:
● آیهالله حسینعلی منتظری، مرجع تقلید که بنا به خواست علی خامنه‌ای و حکم دادگاه ویژه روحانیت به حصر خانگی تا پایان عمر محکوم شد و بمدت 5 سال در حصر بود.
● آیهالله احمد آذری قمی از حامیان و پشتیبانان اصلی سید علی خامنه‌ای که بنا به حکم دادگاه ویژه روحانیت به حصر خانگی تا آخر عمر محکوم گشت و بعدها فوت کرد.
● آیهالله احمد قابل، از روحانیون مبارز و روشن اندیش و از شاگردان آیهالله منتظری که به جرم مخالفت با خامنه‌ای، از سوی دادگاه ویژه روحانیت به زندان محکوم شد و در زندان به سرطان مغز مبتلا شد و درگذشت .
● حجهالاسلام عبدالله نوری، که بعنوان مسئول روزنامه خرداد، توسط داده ویژه روحانیت به 5 سال زندان محکوم شد.
● آیهالله احمد منتظری، فرزند آیهالله حسینعلی منتظری به جرم افشای نوار دیدار پدرش با مسئولان جنایات اعدام زندانیان سیاسی، ابتدا از سوی سید ابراهیم رییسی به 16 سال زندان محکوم شد که به دلیل اعتراض برخی مراجع تقلید فعلا اجرای حکم او به حال تعلیق درآمده‌است.
● آیهالله محمد رضا نکونام، از مراجع تقلید و اساتید حوزه علمیه قم، به دلیل انتقاد از خامنه‌ای و مخالفت با عملکرد نظام ولایت مطلقه سالها است که در زندان به سر می‌برد.
● آیهالله سید محمد حسین کاظمینی بروجردی، سالها است که به دلیل مقابله با حاکمیت استبدادی ولایت فقیه مطلقه و دیگر روحانیون وابسته به بیت، در زندان به سر می برد .
● آیهالله یوسف صانعی، مرجع تقلید تقریبا به حصر خانگی محکوم شده‌است و تحت نظارت دادگاه ویژه قرار دارد .
● آیهالله اسدالله بیات زنجانی، مرجع تقلید، تحت نظارت دادگاه ویژه روحانیت قرار دارد .
● حجهالاسلام سید محمد موسوی خوئینی‌ها، نماینده خمینی در اشغال سفارت امریکا ،دادستان انقلاب کل کشور، نماینده مجلس خبرگان رهبری و… و مدیر مسئول روزنامه سلام به دلیل افشای سند دستنویس فشار بر مطبوعات از سوی دادگاه ویژه به زندان محکوم شد.
● آیهالله حسین موسوی تبریزی که خود از جنایتکاران برجسته و دادستان انقلاب بود به دلیل مخالفت با خامنه‌ای تحت نظارت قرار دارد و فرزندان او مدتی در زندان به سر بردند تا شخص او مزه احکام ظالمانه را بچشد.
● آیهالله علی تهرانی، شئهر خواهر خامنه‌ای بعد از ورود به ایران به زندان محکوم شد
● حجهالاسلام سعید منتظری، فرزند آیهالله منتظری و از جانبازان جنگ که به دلیل انتشار کتاب خاطرات آیهالله به زندان محکوم شد .
● حجهالاسلام سید هادی خامنه‌ای، برادر رهبری و نماینده مجلس مدیر مسئول نشریه حیات نو به زندان محکوم شد.
● حجهالاسلام مهدی کروبی، نماینده خمینی در بنیاد شهید ، نماینده و رییس مجلس که سالها است به دلیل اعتراض به تقلب انتخاباتی سال 88 در حصر خانگی به سر می برد
● حجهالاسلام عبدالحمید معصومی تهرانی با حکم دادگاه سالها با مشکل روبرو بود
● حجهالاسلام سید رضی گلپایگانی، نوه آیهالله العظمی گلپایگانی و مسئول امور خیریه و بیمارستان ایشان که محکوم شده‌است و در زندان به سر می‌برد.
● حجهالاسلام قائم مقامی که ویژه روحانیت، سالها در زندان به سر برد.
● حجهالاسلام محسن کدیور، به دلیل انتقاد از عملکرد ولایت فقیه مطلقه و بیت او مدتها در زندان بود و به امریکا مهاجرت کرد
● حجه الاسلام حسن یوسفی اشکوری،نماینده اسبق مجلس، بعد از محکومیت به زندان و خلع لباس، سالها قبل به اروپا مهاجرت نمود
● حجهالاسلام هادی قابل، برادر احمد قابل و از شاگردان آیهالله منتظری که سالها به زندان محکوم شد.
و…
و نیز حجج اسلام هادی غفاری، عبدالمجید معادی خواه، مرتضی فهیم کرمانی،مجید جعفری تبار، ابوالفضل موسویان مدیر مسئول روزنامه خراسان که صابون دادگاه ویژه روحانیت به تن آنها نیز مالید هر چند خود از حامیان تأسیس ان بودند.
● حجهالاسلام سید محمد خاتمی، وزیر ارشاد حکومت میر حسین موسوی، رییس جمهور ایران در سال 76، اینک به حکم دادگاه ویژه روحانیت در حصر خانگی به سر می‌برد و از درون خانه، از رهبری و سپاه و قوه قضاییه حمایت می‌کند.